A przed wymianą skrzyni problem nie występował ?
3500-3600 w D4D to jest 150-155km/h (z przełożeń, czyli licznikowe około 160), a Ty podajesz zakres około 20km/h mniejszy - albo Wam ktoś wsadził Vbieg z benzyniaka do dieslowskiej skrzyni (to by się pokrywało w 100% z tym, co piszesz odnośnie prędkości), albo cała skrzynia jest z 2.0, bo wizualnie są takie same.
2.0 VVTi ma przy 3500rpm 125km/h, mogło się tak zdarzyć, że ktoś załadował skrzynię z benzyniaka i ECU głupieje, bo mu się obroty z prędkością nie zgadzają.
Mnie to jednak bardziej wygląda na jakieś niedomaganie silnikowe, więc trzeba podpiąć tester, sprawdzić MAP i MAF, zobaczyć jak wyglądają korekty na wtryskach - nikt zdalnie Ci diagnozy nie postawi.